“急则治其标，缓则治其本”为中医辨证施治的重要原则之一，在妇科领域中亦常崇用。在治疗子宫内膜异位症方面，刘瑞芬教授主张用周期序贯疗法，经期以化瘀止痛为先以治其标。而非经期以活血化瘀、祛痰健脾补肾为主以治其本。崩漏患者血崩暴下之时，常以塞流止血为首务，继而澄源复旧。同时在复旧治疗阶段，针对不同的年龄特点，青春期少女及育龄期妇女以治肾为主，以调整肾—天癸—冲任—胞宫生殖轴，恢复正常的月经周期及排卵。围绝经期妇女则以治脾为主，意在健脾益气养血以善其后。如此依照标本缓急确立治则，主次分明地遣方用药，取得较好的疗效。
    刘瑞芬教授辨证选方用药考究，讲究配伍，对“异病同因”、“异因同病”以及“复症多因”的复杂病症,能明辨证因,洞悉症结,进而制定温凉同进的治法,使之有反有常,有缓有急,层次井然,可法可从。其处方既能寒热拮抗,又能相互照顾,组成“复方多法”。同时温凉同进又有反佐之意,如刘瑞芬教授在运用滋肾养血、补益肾气的调经1号方时加用丹皮反佐，此与《金匮要略》温经汤中桂枝合丹皮异曲同工。
    临床用药精当，贵精而不在多，用药酌之又酌，不轻易滥用一药，力求药力适度，直达病所，中病即止。故每临证取药12味左右，反对杂乱无章，药物堆砌，甚至互相抵消，亦防劫阴、耗气、伤肝碍脾之弊。紫石英的合理运用是刘瑞芬教授一大特色，对于排卵功能障碍的患者经后期紫石英常用至30至60g。《神农本草经》载：“紫石英，气味甘、温，无毒。主心腹咳逆邪气，补不足，女子风寒在子宫，绝孕十年无子。”且经研究发现，紫石英用于排卵功能低下的妇女,可使雌激素水平升高；用于无排卵型月经的妇女,可使原基础体温单相型转变为双相型。治疗子宫内膜异位症时，常选用诸如益母草、三七、生牡蛎等活血化瘀的药物而不选用三棱、莪术、水蛭等破血逐瘀药物。既起到化瘀的作用，又不增加离经之血的血量，可谓一举两得。对输卵管一侧或双侧不通或通而不畅者，在辨证论治基础上多加用王不留、路路通、炮山甲、蜈蚣以通经活络，疏通输卵管，临床效果满意。
    除辨证选方用药外，刘瑞芬教授还参考药理研究结果来辨病用药，常收到事半功倍之效。如对子宫发育不良，常选用具有性激素样作用的胎盘粉、鹿角胶等以增强子宫发育;宫缩疼痛常选用当归、白芍、川芎、香附、延胡索等以抑制子宫收缩而缓解痉挛；子宫收缩不良常选用马齿苋、益母草等以加强子宫收缩；凝血机能减退多选用三七、茜草、仙鹤草等以缩短出凝血时间，使宫血自止;阴道滴虫常选用苦参、蛇床子等杀灭滴虫。
    在兼症的治疗上，刘瑞芬教授善用中成药配合治疗。李杲在《汤液本草•东垣先生用药心法》中指出: “大抵汤者，荡也……丸者，缓也，不能速去之，其用药之舒缓而治之意也。”对于中成药的应用: 一方面，可以加强汤药的作用；另一方面，由于妇科疾病多虚实夹杂，因此用中成药对兼病、兼症有良好的治疗效果。