刘瑞芬教授勤耕杏林30余载，既遥承经旨，又善于临证发挥，法古而不拘泥于古，不断进行理论探索及临床实践，理论上颇有建树。
（1）提出慢性盆腔炎“血瘀肾虚”学说。慢性盆腔炎是妇科常见病，多发病。近年来西医学称之为盆腔炎性疾病后遗症。具有病程长、复发率高的特点，多伴有长期下腹疼痛、腰骶酸痛、神经衰弱等症状，是造成异位妊娠、不孕的主要原因之一，严重影响妇女的生存质量。其发病率呈逐年上升趋势，给各国带来日益沉重的经济、社会负担。已成为妇科领域函待解决的课题之一。
刘瑞芬教授认为本病多因急性盆腔炎迁延不愈而成，或无急性发作史，隐匿起病。湿、热、寒、毒为本病的始动病因。外感邪气与气血搏结，或内生邪气阻滞气机导致血瘀。瘀血形成后又影响新血的生成和运行，导致脏腑形体失养，加之治疗不当，攻逐过度，反伤正气，正气愈虚。“五脏之伤,穷必及肾”“四脏相移,必归脾肾”。慢性盆腔炎初起多损及胞宫,迁延日久,则损及脏腑,日久必累及于肾,损及肾中精气,导致肾之阴阳失调。肾中精气的充盛,有赖于血液的滋养,若血液停积,不能正常循行,形成瘀血,失去了正常血液的滋润濡养作用,化精乏源,则致肾虚。同时,血的生化有赖于肾中精气的气化,血的循行有赖于肾中元气的推动。肾虚则精血化生不足且推动之力减弱，血行进一步受阻，血瘀之证必有所加重。两者互为因果，增加了疾病的复杂性,加重瘀滞的发展,以致癥积形成。故临床上慢性盆腔炎患者多见下腹坠痛或刺痛,经行腹痛加重,经血色黯有块,舌质暗或有瘀斑瘀点,脉涩的血瘀证,兼见腰骶酸痛,神疲乏力,带下量多,脉沉的肾虚表现。
刘瑞芬教授主持的本病临床流行病学调查结果显示：临床以血瘀肾虚证、湿热瘀结证为多见，其中血瘀肾虚证占33.6%、湿热瘀结证占20.4%，血瘀肾虚证为本病的主要证型之一。主持负责“十一五”国家科技部支撑计划课题“慢性盆腔炎中医四联疗法的优化及诊疗规范研究——慢性盆腔炎中医综合疗法的优化研究”，对本证型的治疗方案进行了大样本多中心临床验证及基层推广，本课题的顺利完成从侧面反映了血瘀肾虚证的普遍性和代表性，补充了以血瘀肾虚型为常见证型的辨证思路，丰富了本病的中医诊疗思路，提高了本病的中医临床诊疗水平。
（2）创制了疗效确切的慢性盆腔炎中医综合治疗方案。在妇科领域中，慢性盆腔炎的防治一直是一项值得重视的问题。中医药治疗本病疗效确切，是西医妇产科教材中唯一将中医药治疗列为首选治疗方法的妇科疾病。主要治法包括辨证内服中药汤剂或中成药、中药煎剂灌肠、中药外敷和局部理疗、中药注射液静脉滴注、针灸推拿等，但各种中医药治法繁多、不规范，各种治疗方案之间，缺少严格的随机、对照、盲法、大样本的临床试验对比，难以达到目前循证医学的证据要求，严重制约中医药治疗本病的认可度和可推广性。针对这一问题，刘瑞芬教授多次对慢性盆腔炎治疗方案进行优化，最终根据既往研究基础和方案可行性分析，选择了中医综合治疗方案（中药辨证内服法+灌肠法+外敷法）治疗本病血瘀肾虚型和湿热瘀结型，经“十一五”国家科技部支撑计划课题“慢性盆腔炎中医四联疗法的优化及诊疗规范研究——慢性盆腔炎中医综合疗法的优化研究”随机、对照、大样本、多中心临床研究证明，疗效显著、复发率低，可明显消除和缓解下腹疼痛、白带异常、月经失调及局部体征，能明显改善患者生存质量，且相对成本较低，安全性高，明显减轻了患者的病痛和经济负担，适于基层推广。本研究明确了慢性盆腔炎综合治疗方案为主的临床治疗方向，规范了本病临床治疗，提高了中医药治疗本病的认可度和推广应用范围。
（3）强调节育措施致异常子宫出血以祛瘀清热补虚为治疗大法。节育措施致异常子宫出血是指在实施避孕措施及终止妊娠过程中出现的一类异常子宫出血性疾病。目前国内外普遍使用的避孕措施为宫内节育器（IUD），但放置IUD后常会出现月经量多、经期延长、点滴出血等病症；药物流产是终止妊娠的主要方法之一，但药流后常会出现出血量多、出血时间延长等病症，并有发生不全流产及潜在大出血的危险。节育措施致异常子宫出血严重影响了妇女的身体健康及对IUD避孕方式和药物流产的接受性。
刘瑞芬教授认为本类疾病的病因有外邪、情志因素、生活因素、体质因素等，病位在冲任、胞宫，病机均以瘀、热、虚致冲任不固为核心。瘀血阻滞，冲任不固贯穿病机变化的始终。但二者在病机上各有侧重。宫环出血初期为金刃所伤,瘀阻胞络或瘀热阻滞,血不循经,以实证、热证居多;后期由实转虚,或气血俱损,或气阴两伤,或耗损肾气,属虚证或虚实夹杂证居多。而药流后出血易致胞衣、余血浊液残留胞宫，胞脉阻滞，冲任不固，且人为终止妊娠对脏腑、气血、冲任损伤较甚，易致冲任气血虚弱，气不摄血，或运血无力而致瘀，若血室正开，外邪乘虚侵犯胞中，或瘀久化热则可变生他证。病机转归以瘀血阻滞、气血虚弱为主，兼有瘀热互结。以虚实夹杂证居多。
对于本类疾病的治疗，刘瑞芬教授强调以化瘀为重点，祛瘀清热补虚为其治疗大法。对于宫环出血，以祛瘀清热为治疗关键，后期兼顾补益气血，并创制研发了国家准字号新药宫宁颗粒。该制剂具有既止血又活血、标本兼顾、通涩并用作用。经刘瑞芬教授主持负责的国家计生委课题“宫宁颗粒剂防治宫内节育器出血副反应的临床及实验研究”证实总有效率为94%，其作用机制与其具有明显的抗纤溶和调整恢复子宫局部前列腺素平衡双重作用有关。对于药流后出血，以活血化瘀为治疗关键，养血益气为治疗基础，清热意在防其传变，创制了宫清颗粒。临床研究证明该药防治药流后出血有显著疗效，能明显缩短阴道出血时间，减少阴道出血量，且不影响卵巢的排卵功能及月经恢复，能协同米非司酮抗早孕，促进孕囊排出，提高完全流产率，降低不完全流产率。经刘瑞芬教授主持负责的国家自然基金课题“宫清颗粒诱导药物流产后出血人绒毛细胞凋亡的研究”证实其防治机制与其诱导绒毛、蜕膜细胞凋亡作用有关。
（4）补调温通四步分期治疗排卵功能障碍性不孕，注重经后补肾气以助排卵。近年来,女性排卵障碍性不孕发病率呈上升趋势,已影响到育龄夫妇的婚姻和家庭,引起社会广泛关注。刘瑞芬教授认为肾气虚衰、血瘀为本病的基本病机，亦可兼有肝郁、脾虚。治疗上，以中医理论为指导，以辨证论治为基点，结合西医学的月经神经内分泌周期调节理论，模仿月经周期不同时期的生理节律，从补、调、温、通立法，运用中药人工周期疗法，以期恢复“肾-天癸-冲任-胞宫”生殖轴的功能，从而恢复女性的排卵功能。
中医学将月经周期一般分为行经期、经后期、经间期及经前期四期。西医学将月经周期分为经期、卵泡期、排卵期、黄体期。卵泡期即经后期，传统的中药人工周期疗法认为月经来潮，经血耗伤，血海空虚，治以滋肾养血为主。而对于排卵功能障碍性不孕症患者，刘瑞芬教授认为在此期应以 “补肾气”为主以促进排卵，“肾为先天之本”；“肾乃生胎之元”；“肾主生殖，肾气盛，天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子”，是女子孕育的基本条件。若肾气冲盛，则卵巢功能正常，精化阳气，阳气内动，冲任相资,由虚至盛,由阴转阳可促使成熟的卵泡排出而受孕。因此补益肾气是诱发排卵的关键。气分阴阳，互根互用，补益肾气应阴阳并重，滋阴填精不仅可以养阴，使卵泡发育有充盛的物质基础，而且还可推动月经周期的运动；温肾助阳可以启动氤氲之气,促使优势卵泡的竞选，有助于卵泡逐渐发育。同时配以活血药物改善卵巢局部血液循环,促使卵泡发育成熟。
“经间期”相当于月经周期的排卵期，经前期的阴生阳长，至此时阴已长至“重阴阶段”。“阴长至极，重阴必阳”，便开始了月经周期中的第一次转化，转化的结果导致排卵。此期应注重一个“调”字，以适应阴阳消长，由阴转阳突变的需要。治以调气活血通络为主，以促进卵子的突破排出。
经前期相当于黄体期。此时，阴血由生至化，机体由阴转阳，阳气渐长，月经将至。故此期为“阳长阶段”。其中阳气的旺盛与否直接关系到月经周期的进一步演变。此期应注重在一个“温”字。以温肾调经为主，阴中求阳，调理冲任气血为本期治疗的重点。
行经期，阳长至极，重阳必阴，此期为月经周期中阴阳的第二次转化，血海由满而溢，月经来潮。标志着本次月经的结束，新的周期的开始。故“通”是本期的治疗特点。“热则流通，寒则凝滞”，强调禁用或慎用苦寒之药，治当温通，使胞宫排血通畅，冲任经脉气血顺和，达到除旧布新，为新月经周期奠定基础。由是循月经各期的特点，形成了“补、调、温、通”的中药人工周期治疗模式。