刘瑞芬教授不但精研经典，博览群书，掌握了中医辨证论治的精华，还钻研西医诊疗，从事科研工作。她认为我国同时并存的中医和西医这样两种截然不同的医学理论体系，其区别在于对疾病认识的方法和手段不同而已，其研究和服务的目的是相同的，即防治疾病。疾病是错综复杂的，中医和西医诊疗疾病各有优势和特点。所以，刘瑞芬教授认为临床医师不应抱有门户之见，要充分发挥中西医的优势，中西医结合成为一种必然发展途径。一方面，中医学虽然博大精深，但中医的诊断有其一定的局限性和模糊性，另一方面，西医虽然微观研究很深入，但对一些疑难杂症临床疗效欠佳。因此，主张临床上应辨病和辨证相结合，宏观和微观相结合，把西医侧重病因和病理形态的诊断与中医侧重全身生理病理的疾病反应状态的诊断相结合，将获得的西医辨病和中医辨证相对照，求同存异，融会贯通，从而对整个病情有更为全面的了解，增强诊断的深度和广度。同时重视现代医学对中医临床的作用，例如，对不孕症的诊治，除对患者辨证外，还对患者进行必要而系统的西医检查，如妇科检查、基础体温(BBT)测定、诊断性刮宫、B超、子宫输卵管碘油造影、内分泌测定、男方精液常规检查等。治疗多囊卵巢综合征方面，在中药补肾活血、健脾化痰治疗的同时,对伴不孕的患者常选用克罗米芬以促排卵；雌激素水平偏低者加用补佳乐。高泌乳血症泌乳素较高者，在中药补肾疏肝基础上，酌加服溴隐亭等。在痛经诊治过程中,借助于妇科检查、实验室检查(血CA125、抗子宫内膜抗体检查)以及B超检查等,既有助于子宫内膜异位症的诊断,又可了解病情轻重。症状严重的近绝经期子宫内膜异位症患者配以西药如米非司酮、孕三烯酮等以抑制月经来潮,达到尽快缓解病痛的目的。如此，将中医的辨证经验与西医的诊断治疗完美的结合起来。除了临床中注重中西医的结合，刘瑞芬教授还重视在理论上的汇通。刘瑞芬教授认为，西医学的下丘脑-垂体-卵巢轴与中医的肾-天癸-冲任-胞宫轴在理论上具有相同之处，二者虽然不能等同，但可以互参。同时强调，中医学理论有其独特的理论体系，西医的理论和现代药理学研究只能作为参考和补充，而不能以西医的诊断代替中医的辨证论治，不能以现代药理学研究代替中药学性味归经，不能以动物实验代替传统中医的研究方法。
总之，刘瑞芬教授立足于中医本质，弘扬祖国医学，博采现代科技，能中不西，先中后西，衷中参西，中西结合。